As pesquisas em café foram iniciadas ainda na época do Brasil Império e, à medida que foram aparecendo desafios para a nova cultura – como doenças e pragas - foram sendo criados institutos de pesquisas.

Nos anos 50, surgiu o primeiro instituto com a missão exclusiva de cuidar do café: o Instituto Brasileiro do Café (IBC). Criado com o objetivo de definir a política para o setor, coordenar e controlar estratégias, desde a produção até a comercialização interna e externa, o IBC também ofereceu assistência técnica e econômica à cafeicultura e promoveu estudos e pesquisas em prol da cultura e da economia cafeeira. O Instituto também foi o gestor do Fundo de Defesa da Economia Cafeeira (Funcafé), instituído em 1986 com recursos provenientes de cotas de contribuição sobre exportações de café, para financiar a produção e novas pesquisas.

Com a extinção do IBC, em 1990, as instituições que trabalhavam com café sentiram a necessidade de se organizarem e terem um direcionamento em suas atividades de pesquisa para otimização dos resultados. Assim foi criado, em 1996, o Conselho Deliberativo de Política do Café (CDPC), vinculado ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. O CDPC tem a finalidade de formular as políticas públicas concernentes à produção, comercialização, exportação e marketing , bem como de estabelecer um programa de pesquisa agronômica e mercadológica para dar suporte técnico e comercial ao desenvolvimento da cadeia agroindustrial do café.

Também em 1996 foi criado, sob a gestão do CDPC e coordenação da Embrapa, o Programa Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento do Café, em parceria com as instituições componentes do Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária (SNPA), institutos e universidades brasileiras e a iniciativa privada do agronegócio café. Ficou estabelecido que o Programa de Pesquisa em Café deveria contemplar, em toda a cadeia produtiva, o desenvolvimento da pesquisa científica e tecnológica e os estudos socioeconômicos, a difusão de tecnologia e de informações e o acompanhamento da economia cafeeira brasileira e mundial.

No ano seguinte, em 1997, foi criado o Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolvimento do Café (CBP&D/Café), hoje Consórcio Pesquisa Café, com o objetivo de planejar e executar as pesquisas. Para coordenar a implementação e execução do Programa Pesquisa Café e sistematizar e organizar, no âmbito do Governo Federal, as ações de promoção e execução de atividades de pesquisa e desenvolvimento (P&D) com café no Brasil, foi criada em 30 de agosto de 1999, o Serviço de Apoio ao Programa Café (SAPC), Unidade Descentralizada da Embrapa criada com o nome síntese Embrapa Café.

Hoje a atuação dessa Unidade da Embrapa frente ao Programa Pesquisa Café inclui atividades de gestão e realização de P&D&I, orientadas por objetivos estratégicos definidos, de forma a responder aos desafios do desenvolvimento da cafeicultura brasileira e o fortalecimento do Consórcio Pesquisa Café.