A Embrapa Café, Unidade Descentralizada da Embrapa, tem como estrutura básica:

I - Gerência Geral, responsável pela gestão da Unidade como um todo e pelo relacionamento e a integração da Unidade com outras Unidades da Embrapa e com outras organizações públicas e privadas.

II - Gerência Adjunta de Pesquisa e Desenvolvimento, responsável pela gestão das atividades referentes aos processos de pesquisa e desenvolvimento na área do agronegócio café.

III - Gerência Adjunta de Transferência de Tecnologia, responsável pela coordenação das atividades de transferência tecnológica e pelo processo de propriedade intelectual das tecnologias desenvolvidas no Programa Pesquisa Café.

IV - Gerência Adjunta de Administração, responsável pelas atividades administrativas, compreendendo a gestão dos processos de recursos humanos, logística, orçamento e finanças.